Werner Bruns war Assistent beim Ökonomen Hans-Hermann Hoppe, der Volkswirtschaft an der University of Nevada, Las Vegas lehrte und die wissenschaftliche Leitung des Ludwig-von-Mises-Institut innehatte. Werner Bruns war nach seiner Promotion wissenschaftlicher Mitarbeiter und später Studiengangsleiter der Rudolf-von Bennigsen-Stiftung in Hannover. Im Anschluss daran war er Referent für „Arbeitsmarktpolitik“ im Niedersächsischen Sozialministerium, dann Pressesprecher und Grundsatzabteilungsleiter im Baden-Württembergischen Wirtschaftsministerium. Im Anschluss daran wurde er zum Abteilungsleiter und politischen Direktor im Bundesministerium für politische Zusammenarbeit und Entwicklung berufen. In dieser Funktion vertrat er den Staatssekretär des Ministeriums.
